Alić se u šest tačaka optužnice tereti za ratni zločin protiv ratnih zarobljenika, u ovom slučaju pripadnika Vojske Srpske Krajine. Prema navodima optužnice, Alić je učestvovao u fizičkom i psihičkom zlostavljanju zarobljenika, te nije naredio i sproveo istragu niti kaznio osobe koje su odgovorne za ubistva četiri zarobljenika.
Ubistva četvorice vojnika koja se opisuju u optužnici, stavlja se na teret izvjesnom Al Harbi Tewfiku, državljaninu Saudijske Arabije, koji, stoji u obrazloženju optužnice, nije bio pripadnik Alićevog bataljona, ali se u vrijeme ubistava borio zajedno sa njima na području Bosanske Krajine.
Zarobljavanja i ubistva su se desila početkom augusta 1995. godine, u vrijeme trajanje vojne operacije Oluja koju su, zajedno na području Krajine provodile snage Armije BiH i jedinica iz Republike Hrvatske.
Bataljon Hamza je zarobio grupu pripadnika Vojske Srpske Krajine. Alić je kao pomoćnik komandira imao ovlasti da preuzme zarobljenike, ispita ih i da im osigura siguran prolaz i predaju komandi brigade.
Međutim, on je zajedno sa Tewfikom, kako stoji u optužnici, ispitivao zarobljenike, "primjenjujući metode zastrašivanja" i fizički ih zlostavljajući.
Za sama ubistva zarobljenih se optužuje Tewfik, ali stoji da je Alić "propustio da o ubistvu izvijesti svoje nadređene", te "nije preduzeo nikakvu odgovarajuću radnju da se ta ubistva i počinioci ispitaju i kazne".
U obrazloženju optužnice stoji da je Tewfik "bez opravdanja" na ivici šumskog puta, ubio zarobljenike i ostavio njihova tijela da ih vide vojnici. Samo zlostavljanje, te tijela ubijenih, Tewfik ili drugi pripadnici bataljona su snimili, a Tužilaštvo posjeduje video zapise.
Istraga nije utvrdila da je optuženi bio prisutan ubistvima, niti da je naredio da se ona izvrše. Čak postoje dokazi, stoji u optužnici, da se odvojio od zarobljenika dok su još bili živi.
Istraga je utvrdila da su i drugi komandiri brigade znali za zarobljavanje.
Alić je optužen jer je, prema navodima u obrazloženju optužnice, bio najodgovorniji oficir na području gdje su izvršena ubistva, te je bio posljednji oficir koji je imao direktnu fizičku kontrolu nad sva četiri zarobljenika koja je Tewfik ubio, kao i dužnost da preduzme sve opravdane korake kako bi obezbijedio sigurnost i dobrobit zarobljenika i da ih zaštiti.
Istraga je utvrdila da za ova ubistva nikada niko, uključujući optuženog, nije podnio izvještaj niti izvršio istragu i odredio kaznu.
Tužilaštvo je u isto vrijeme kada je naložilo istragu protiv Alića, počelo istragu i protiv Tewfika.
Šefik Alić je uhapšen 2. novembra 2006. godine u Bužimu.
Jedna od najuspješnijih porno zvijezda nije bila zadovoljna zaradom: "To nije uredu"
Pregovara se o uspostavi novih linija na Aerodromu Sarajevo, fokus je na ovim gradovima
Esma Numanović predstavila album prvijenac: "Blista" je prava muzička poslastica
