Dekanat Fakulteta islamskih nauka Univerziteta u Sarajevu izrazio je žaljenje zbog izjave Stjepana Kljujića kojom je, iznoseći neprimjerene komentare na račun odjevne prakse Naide Hote-Muminović, ministrice za odgoj i obrazovanje KS, konstatirao nespojivost obavljanja javne funkcije sa nošenjem mahrame.
Stjepan Kljujić, član ratnog predsjedništva RBiH na svečanoj akademiji povodom Dana državnosti BiH u Goraždu pozvao je sve one koji odlaze iz BiH da ne zaborave kako će uvijek u tuđini biti samo "Bošnje" koje će se željeti vratiti u domovinu da uživaju "pod stare dane".
Gradonačelnik Sarajeva Abdulah Skaka napravio je gaf gostujući na Hayat televiziji gdje je govoreći o nagradi Počasni građanin Sarajeva bivšeg predsjednika Republike Hrvatske Stjepana Mesića zamijenio sa bivšim članom Predsjedništva BiH Stjepanom Kljujićem.
Smrt prvog premijera nezavisne države Bosne i Hercegovine Jure Pelivana, koji je preminuo u petak u Splitu, u 85. godini, rastužila je mnoge, među njima i njegovog savremenika Stjepana Kljujića.
