Igra se jednokružno, a u osminu finala plasirat će se tri prvoplasirane momčadi iz svake skupine. U toj fazi natjecanja priključit će se i osam klubova iz Lige prvaka.
Prvo kolo Kupa UEFA na rasporedu je 25. listopada.
SKUPINA A
AZ Alkmaar (NIZ) Zenit (RUS) Everton (ENG) Nuernberg (NJEM) Larissa (GRČ)
SKUPINA B
Panathinaikos (GRČ) Lokomotiva Moskva (RUS) Atletico Madrid (ŠPA) Kopenhagen (DAN) Aberdeen (ŠKO)
SKUPINA C
Villareal (ŠPA)
AEK (GRČ) Fiorentina (ITA) Mlada Boleslav (ČEŠ) Elfsborg (ŠVE)
SKUPINA D
Basel (ŠVI) HSV (NJEM) Rennes (FRA) Dinamo (HRV)
Brann (NOR)
SKUPINA E
Bayer Leverkusen (NJEM) Sparta Prag (ČEŠ) Spartak Moskva (RUS) Toulouse (FRA) Zuerich (ŠVI)
SKUPINA F
Bayern Muenchen (NJEM) Bolton (ENG) Braga (POR) Crvena zvezda (SRB) Aris (GRČ)
SKUPINA G
Anderlecht (BEL) Tottenham (ENG) Getafe (ŠPA) Hapoel Tel Aviv (IZR) AaB (DAN)
SKUPINA H
Bordeoux (FRA) Austria Beč (AUT) Galatasaray (TUR) Panionios (GRČ) Helsingborg (ŠVE)