Povijest naučne ustanove počinje s papom Leonom XIII., kazao je za Radio Vatikan otac José Gabriel Funes. Leon XIII. je tako reći „stvorio“ zvjezdarnicu. Naime, u Vatikanu je u „Tornju vjetrova“ za meteorološka istraživanja već postojala zvjezdarnica. Valja posjetiti na papu Grgura XIII. i njegovu reformu kalendara, u čijem povjerenstvu je bio poznati isusovac Clavio.
Može se reći da od tada počinje službeno zanimanje Crkve za astronomiju. Godine 1891. počinje teško razdoblje za odnose između nauke i Crkve, bolje reći između naučnika i crkvenih ljudi. Papa Leon XIII. trudio se dokazati kako Crkva nije protiv „dobre“ nauke, koju cijeni i promiče. Tako je rođena Vatikanska zvjezdarnica, koja je u doba pape Pija XI., 1935. godine, preseljena u Castel Gandolfo, gdje se i danas nalazi.
To je učinjeno jer je rimsko nebo bilo presvijetlo. Ravnateljem Zvjezdarnice je 1906. godine imenovan isusovac. Na početku XX. stoljeća zvjezdarnica proživljava krizu, naime tadašnji ravnatelj Alfonso Rodriguez nije bio astronomski stručnjak, a Zvjezdarnica je sudjelovala u velikom međunarodnom nacrtu „Karta neba“. Papa je, kako bi Zvjezdarnici vratio prestiž, pozvao isusovce, jer je Družba imala stručnjake za astronomiju.
Osamdesetih godina prošloga stoljeća Castel Gandolfo se sučeljava s „rimskim sindromom“. Teleskop je preseljen u Tucson, u Arizonu, a u Castel Gandolfu su zadržani uredi za tečajeve i naučne skupove. Zvjezdarnicu vodi 12 isusovaca, od kojih su petorica u Castel Gandolfu. Tijekom ljeta isusovci iz Tucsona dolaze u Castel Gandolfo radi analize prikupljenih podataka, o njima raspravljaju i pišu članke koji se objavljuju u znanstvenim astronomskim časopisima.
Osvrnuvši se na Međunarodnu astronomsku godinu, kazao je kako je to za Crkvu, Vatikan i čitavo čovještvo velika prigoda svratiti pogled na astronomiju. Kad sudjelujem u nekoj konferenciji običavam citirati Dantea, posljednji spjev Pakla: „Iziđosmo gledati zvijezde“. To je naše poslanje u Vatikanskoj zvjezdarnici: na trenutak staviti čovještvo pred nešto uzvišenije; izići iz pakla koji smo sami stvorili: ratova, patnje, siromaštva i brojnih nezgoda. Astronomija nas stavlja pred ograničenost našega života. To je prije 400 godina učinio Galilej kad je nedaleko od bazilike svetoga Antuna u Padovi postavio teleskop i promatrao Jupiterove satelite. To je važno za astronomiju i za historijat čovještva. Otvorili smo se kozmosu i tako smo podrobnije mogli vidjeti čudesa stvaranja – istaknuo je otac Funes i dodao kako odnosi između Crkve i nauke nikad nisu bili laki.
Uvijek će biti napetosti između religije i nauke, između Crkve i nauke, ali se ne trebamo bojati sukoba, jer znanja i spoznaje koje nam dolaze od nauke nisu u oprečnosti s vjerskom spoznajom. Ima okolnosti u kojima mogu izgledati oprečnima, tad se trebamo prisjetiti Isusovih riječi: „Istina će vas osloboditi“. Ako pošteno tražimo istinu, to nas oslobađa i stoga se ne trebamo bojati. Crkva ne strahuje od nauke i naučnog razvitka, jer „dobra“ nauka nam pomaže da poboljšamo svoj život – zaključio je otac Funes.
